Quando Nagato e Yahiko chegaram lá para buscá-la, Hanzō disse que Nagato tinha que matar o amigo Yahiko para que ele libertasse Konan. Nagato estava com uma kunai na mão, mas não iria usá-la contra seu único amigo, foi aí então que Yahiko se jogou na frente de Nagato perfurando-se com a kunai.
Yahiko morreu em algum momento durante ou após a Terceira Grande Guerra Ninja, pois foi nessa época que ele conheceu Jiraiya. Se ele estivesse na Segunda Grande Guerra Ninja, ele teria a mesma idade de Hiruzen e Danzo. Yahiko morreu aos 15 anos. Naquela época, Obito ainda tinha 13 anos após treinar com Madara.
Ele não queria ressuscitar Yahiko porque seu capítulo acabou. Quer dizer, a Akatsuki falhou. A missão iniciada pela Akatsuki foi abandonada por ele. A morte de seu amigo representou isso.
A morte de todos os membros da Akatsuki- Como morreram os 10 membros da Akatsuki | Naruto shippuden
Porque o Nagato usou o corpo do Yahiko?
Para o Caminho Deva ele usou o corpo de Yahiko — ainda querendo que ele liderasse a organização em espírito — e para os outros cinco, ele usou os cadáveres de outros shinobi diversos que, coincidentemente, teriam cruzado o caminho de Jiraiya quando vivos.
Ele também estava disposto a trair pessoas sem remorso, fazendo os Órfãos de Ame e sua equipe caírem em uma armadilha e, em seguida, tentar matar todos sem piedade; esta traição, ironicamente, levou à sua própria morte.
Notavelmente diria que Itachi já que houve está batalha durante a Guerra Ninja , onde depois de se libertar do controle de Kabuto ,Itachi derrotou e selou Nagato.
Mas, como os Seis Caminhos, o Caminho Deva possuía o Rinnegan de Nagato, ele recebeu seis piercings e uma barra de metal no meio de cada orelha, três pregos para cada lado da parte superior de seu nariz, e um parafuso pontudo que prende cada extremidade do seus lábios inferiores.
Konan e Yahiko são apaixonados um pelo outro, então eles. Algumas vezes, o amor de um lado não vai mudar, mas acho que Jiraiya já contou para Nagato sobre isso.
Acreditando que somente através da dor o mundo poderia chegar à paz, Nagato adotou o nome Pain e se tornou o novo líder da Akatsuki após a morte de seu amigo. Assim, ele começou a direcionar a organização a um novo caminho, secretamente sendo guiado por Obito, ainda se passando por Madara.
Posteriormente, Nagato se tornou o líder. Essa organização tinha por meta a busca pela paz, no entanto depois da morte de Yahiko e depois da influencia de Tobi , a sua principal missão passou a ser a coleta de todos os bijuus, criaturas compostas unicamente de chakra (チャクラ, chakura).
No final Kakashi morre para salvar aconteceu ao chouji durante o confronto com um dos seis corpos de Pain, mas será depois ressuscitou em conjunto com todos os habitantes morreram durante o ataque.
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