Inicialmente o número de componentes era de dez ninjas, porém seu número de integrantes acabou por ser reduzido com a fuga de Orochimaru da organização, e a captura de Hidan, e também pelas mortes de Kakuzu, Deidara, Itachi Uchiha, Kisame Hoshigaki, Konan, Nagato e Sasori sendo este último substituído por Tobi.
Tobi foi atrás de Konan para saber o paradeiro do corpo de Nagato para poder pegar o Rinnegan dele, e os dois acabam se enfrentando. Konan quase mata Tobi mas ele leva a melhor no final e ela acaba sendo morta.
Além de Yahiko, outros ninjas da Akatsuki também acabaram falecendo. Após a morte de Yahiko e de outros membros, a Akatsuki passou por uma mudança drástica, entrando na segunda versão, liderada por Tobi – apesar de Nagato ser considerado o líder.
Orochimaru deixou a Akatsuki em desgraça depois de planejar roubar o corpo de Itachi e falhar miseravelmente. Ele não podia ficar na organização e sofrer represálias ou até mesmo trabalhar com ele, com ele facilmente se livrando de Orochimaru, então ele saiu.
Zetsu. Embora legiões de Zetsus Brancos tenham tocado o terror durante a quarta grande guerra ninja, o personagem está longe de possuir força individual para se igualar a qualquer outro membro da Akatsuki.
Hidan após ferir Asuma. Hidan (飛段) foi um ninja renegado de rank S que desertou de Yugakure e mais tarde juntou-se à Akatsuki. Lá ele fez dupla com Kakuzu, apesar de ambos manterem um desagrado mútuo. Ele também foi o segundo membro mais novo da Akatsuki, no momento da introdução de Tobi.
Morte de Zetsu Branco. No segundo dia da guerra, Zetsu Branco foi usado como uma cobaia para os novos olhos de Sasuke e foi apunhalado por uma espada formada pela chamas negras do Amaterasu, empunhada pelo novo Susanoo e, por fim, Zetsu Branco foi consequentemente incinerado.
Inicialmente o número de componentes era de dez ninjas, porém seu número de integrantes acabou por ser reduzido com a fuga de Orochimaru da organização, e a captura de Hidan, e também pelas mortes de Kakuzu, Deidara, Itachi Uchiha, Kisame Hoshigaki, Konan, Nagato e Sasori sendo este último substituído por Tobi.
Kakuzu tinha toneladas de experiência em batalha, era astuto, tinha um ótimo taijutsu e ninjutsu poderoso. Ele lutou de forma fantástica contra Kakashi e sua equipe. Um Naruto cansado e esgotado aparece e o derrota imediatamente.
No final Kakashi morre para salvar aconteceu ao chouji durante o confronto com um dos seis corpos de Pain, mas será depois ressuscitou em conjunto com todos os habitantes morreram durante o ataque.
Os ninjas de Kumo e de Konoha tentaram dominá-lo, mas Kisame os prendeu com a Técnica da Prisão de Água. Kisame comete suicídio. Ele invocou três tubarões que os devorou. Dentro de seus momentos finais, ele se lembrou de seu primeiro encontro com Itachi e percebeu que ele não era tão terrível como pensava.
No entanto, Sakura tomou ataque da espada de Sasori, em vez de Chiyo. Como Sasori se preparou para atacar novamente, deu Chiyo a chance de usar os fantoches de seus pais para esfaquear Sasori através do coração na forma de um abraço, uma posição que ele sempre quis estar desde sua infância.
E a única maneira de mantê-lo seguro na vila era não revelar a verdade, porque esse conhecimento colocaria Sasuke em perigo. Danzo simplesmente ordenaria o assassinato de Sasuke.
No data book de Boruto, é afirmado que Kaguya morreu depois de ser selada. O que é consistente considerando que o Chibaku Tensei dos Seis Caminhos drena todo o chakra do indivíduo selado, até o zero absoluto. E como sabemos, se um personagem de Naruto é drenado de todo o seu chakra, ele morre.
Com uma nova convicção, Obito voltou ao Cemitério das Montanhas e concordou com a conclusão de Madara de que a realidade em que eles viviam era inútil e que deveria ser destruída. Ele jurou que iria criar uma nova realidade em que ele, Rin e Kakashi estariam juntos novamente.
O símbolo de Jashin. Jashin (ジャシン; literalmente significa: "Coração Perverso; Deus do Mal; Projeto Mal") é o deus adorado no Jashinismo (ジャシン教, Jashinkyou; Panini: "Jashinkyo"; Crunchyroll: "Caminho de Jashin"). Um de seus seguidores é o membro da Akatsuki, Hidan.
O Hidan era tecnicamente imortal por causa de sua religião/rituais ou o que quer que seja. Então, como solução, Shikamaru o cortou em vários pedaços e o enterrou na floresta sagrada.
Ele morreu aos 19 anos, e apareceu antes do salto de 3 anos, então ele não poderia ter mais de 16 anos, mas ele parece mais jovem em alguns flashbacks.
Naruto vence Pain. Após derrotar Pain, Naruto agora parte para encontrar Nagato. (Omake) Naruto e Sakura partem junto com Shikamaru, Chouji e Ino para procurar o legado do Quarto Hokage.
Ao contrário de todos os personagens citados até aqui, Sasori nunca foi derrotado em combate pelos heróis de Naruto. Ele acabou se entregando após uma batalha intensa e inesquecível contra Sakura e Chiyo.