Naruto derrota Kabuto com o Rasengan. Quando chegam os reforços para Tsunade, Kabuto é confrontado por Shizune, que ele rapidamente derrota. Como ele volta sua atenção para Tsunade, Naruto também vem em seu socorro, surpreso que Kabuto era um espião de Orochimaru.
Embora parecesse invencível por algum tempo, Kabuto acabou se mostrando um oponente pouco desafiador no caminho de Itachi. É verdade que Itachi precisou sacrificar um olho para derrotar este inimigo, no capítulo 337, mas a luta foi relativamente breve.
Ele foi morto no capítulo 345, o que significa que ainda faltam 50,8% da história. O ponto médio exato (Capítulo 350) é o capítulo em que Naruto e Sakura descobrem que Orochimaru está morto e que Sasuke não terá seu corpo tomado.
Kabuto reviveu a Akatsuki (incluindo Nagato). Tecnicamente, ele precisava obter algum DNA de Nagato - o que, dada a história por trás de como a identidade de Nagato era escondida, era mais provável que tivesse sido feito após sua morte.
O controle total que Itachi exerceu, mesmo se segurando, mostra que ele estava muito acima de Kabuto em inteligência e habilidade. Itachi não apenas venceu, mas o fez em seus próprios termos, reforçando sua posição como um dos ninjas mais estratégicos e formidáveis de Naruto.
Em desespero, o Time 7 vai à procura de Sai, na esperança de impedi-lo de cumprir sua missão. Sai, no entanto, tinha realmente mudado seu coração, e ele tentou convencer Sasuke a voltar para Konoha, em nome de Naruto. Sasuke porém acaba dominando Sai. Yamato sendo esfaqueado por Sasuke.
Kabuto, após injetar as células de Orochimaru em seu próprio corpo, conseguiu alcançar essa técnica. Como tal, ele poderia se transformar em cobra assim que usasse a técnica de recriação corporal, saindo da boca de seu corpo antigo como uma cobra branca.
No final Kakashi morre para salvar aconteceu ao chouji durante o confronto com um dos seis corpos de Pain, mas será depois ressuscitou em conjunto com todos os habitantes morreram durante o ataque.
Rin, no entanto, mais tarde, obrigou-se por suicidar-se, em vez de arriscar a segurança de Konoha ao colocar-se na frente do Chidori de Kakashi, que era para acertar um ninja de Kiri, empalando-se e morrendo nas mãos dele.
